2011年11月3日至5日，上海交通大学船舶海洋与建筑工程学院举行中长期综合评估现场评议。评估专家组由来自美国麻省理工学院、马里兰大学、密西根大学以及英国纽卡斯尔大学等世界著名大学的8名专家组成，其中美国工程院院士、麻省理工学院梅强中教授担任评估组组长。
马德秀书记在讲话中首先感谢了评估专家组的工作。她指出，专家组的评价结论既是对船建学院近年来发展的认可，也是对学院的鼓励和鞭策；专家们指出的学院发展瓶颈问题也是学校所关注的，所提出的建议具有重要指导意义。马德秀希望船建学院进一步研究和吸收国际评估专家组提出的结论与意见，紧紧抓住国家经济转型发展这一重大历史机遇，用大的思路和大的举措突破发展瓶颈问题。同时，要抓紧研究如何实现实质性国际化合作的突破，早日跻身世界一流行列。
校长张杰对专家组表示感谢。张杰指出，实施院系综合国际评估是彰显学校的核心价值和提升师生学术追求的重要措施，学校将对每个院系每5年进行一次国际评估。张杰强调，船建学院应认真总结、消化专家组的点评与建议，在满足国家战略的基础上，加强基础研究，提高国际学术影响力；推进研究生培养改革；为青年教师提供更为宽松的环境与优厚的条件，抓住中国经济转型时期的历史机遇，把握未来发展方向，努力把船建学院建设成世界一流的学院。
11月4日上午，综合评估现场汇报会在船建学院报告厅举行。常务副校长林忠钦出席开幕式并致辞。他介绍了学校开展院系评估的背景和目的、船建学院近年来的发展及取得的主要成就，希望通过此次评估，更好地促进学院的未来发展。专家们听取了船建学院院长杨建民关于学院总体情况和建设发展规划的汇报，以及船舶工程、海洋工程、水下工程、流体力学、一般力学、固体力学、结构工程、岩土工程8个学术方向的汇报。下午，评估专家参观了海洋深水试验池、工程力学实验中心、土木工程实验室，以及在建的风洞循环水槽等实验室，并与教师和学生代表进行了深入座谈。
5日下午，综合评估结果反馈会在闵行新行政楼B418会场举行。党委书记马德秀、校长张杰、副校长陈刚、党委常委李建强、船建学院领导和教授代表以及相关部处负责人出席会议。评估专家组认为，船建学院具有悠久的办学历史与办学传统，在过去5年中取得了显著的进步，具有较高的国际知名度。各研究团队有较活跃的学术表现，与工业界有着良好的合作关系，部分学术方向已达国际先进水平。专家组认为船建学院未来发展仍有较大的上升空间，并建议学院加强师资队伍建设，合理平衡基础研究与应用研究，深入开展院内外的合作研究，大力推进国际化战略，从而进一步提升学院的国际学术声誉。
本次船建学院中长期综合评估于2010年4月正式启动，学院精心准备了学院整体情况和8个学科方向的自评材料。国际上相关领域的顶级专家对学院进行了通信评议，反馈意见良好。
